2009-11-16: 现阶段写科技论文一些工具、心得

(一直放在邮箱里，忘记post出来了，orz....已经隔了一个月 = =||| )

 前言：

能寫的太多了，从方法论到具体细节其实很多都可以说上几句。
簡直不可能一次全部介绍完，所以这里我尽量简洁地给出一些keyword来记录点点滴滴。

工具篇：
latex+bibtex+jabref等一系列工具。在office我主要用CTeX套装，而在Linux环境下我用texlive。CTeX的好处是，在windows下使用非常方便，安装好即可使用。另外配套的WinEdt工具已经做好了TeX、LaTeX、PDFLaTeX几种工具，非常方便编译与运行PDF viewer。

bibtex与jabref主要是用来管理文献，我想这里需要另外一篇文章来介绍，不过搜索后发觉这篇文章几经介绍得不错了：

《bibtex现学现卖》：http://derecks.blog.sohu.com/118984444.html

另外，我希望能找到一篇总结bibtex里面各个entry作用，如article，conference，inproceedings(会议录)等的区别；
以及reference里面排版惯例的介绍。(后来知道conference=inproceedings)
在文档 《How to Use the IEEEtran BibTeX Style》里有一点介绍，我想已经足够日常使用了。
我在附注2总结了一些重要的points。

最后， 则是利用aspell等工具，来检查你的拼写错误、语法建议等。这里有一篇非常不错的文章。

格式篇：
因为我提交的paper主要是IEEE的，所以一般会按照它的格式进行编写。
IEEE的不同会议一般提供了LaTeX的模板（style file），其实就是双栏以及一些字体等细节方面的格式设置。
它是这样使用的：

(1) 如果是sty文件，则当成一个package使用，下面是最近的ASP-DAC'10 会议提供的aspdac2e.sty的使用方法：
\documentclass[twocolumn,letterpaper]{article}
\usepackage[letter]{aspdac2e}

(2) 如果是cls文件，则直接使用为文档类，如下：
\documentclass[conference]{IEEETrans}

总是，效果大致是相同的。

在一开头就使用预定的格式写作论文，好处是paper被接收后，要准备camera ready version时不会改得这么痛苦，
我第一次交时就改格式改了好久，当时碰到了三个问题：

• 包含了超链接——IEEE不允许使用
• 包含了书签——也不允许
• 没有内嵌所有字体——这个是最重要的，因为考虑到不同系统的PDF viewer不一定提供了你使用的字体。

在提交paper时，必须通过一个叫做IEEE PDF eXpress的工具的检查才能使用。这个工具提供了检测、转换等一系列服务，以生成合适格式的论文。
我还没研究透，以后可以另外写一篇总结。

当然，在论文初始提交阶段，也许可以不用那么严格。比如，一般会议要求不超过8页，那么可以先自行设置页宽等参数来放更多内容。
但是以后交final version时，势必要改。所以为了避免重复劳动，最好一开头就严格使用一定的标准。
特别是对于bibtex的item，每个entry最好都严格按照格式输入好，不然后面改起来很辛苦，经验之谈啊。

写作篇：
当一切格式均已制定好，所有工具准备就绪时，以后再写paper就方便多了。
当然，一开始总是生疏的，总要摸索多几次才能调整出自己最顺手的工作环境。
一般来说，我个人的风格是先做好实验再撰写文章，这样写起来比较得心应手，文思泉涌。
其实写这种文章都有一定的套路可循，无非是那几大环节，我这里稍微写一下经验：
- title : 我没什么很多的经验，个人觉得一个formal又不哗众取宠，不太长又不太短的title适合我风格
- abstract : 很考验一个人的总结水平。基本上是整片文章的缩影。
- introduction : 很考验一个人的写作能力, 写得好的intro会让审稿人迅速把握中心思想, 不会看得烦.
- literature review : 介绍前人工作, 似乎不宜写得太长, 否则会占去太多篇幅, 有reviewer喜欢用这个来说你的contribution少
- methodology : 主要介绍自己的contribution, 我喜欢先在这里或之前的section里总结一下, 让人明了你究竟做了什么.
  然后再展开来描述你的工作的各个细节. 这里可以分几个不同的section来写, 一般我会用单独的一个secion来分析问题. 然后1-2个section来说明算法/方法.
- experimental result : 也是很重要的一个环节，用图表来证明自己方法的效率以及比起前人工作的优越性
- conclusion : 基本上就是再说一次，我喜欢加上future work

写好后，就是跟老板的互动反馈意见了。虽然很简单，但是我很喜欢这种style。
基本上论文都是我自己写的，所以很考验人的写作能力，虽然辛苦，但是也算是一种学习过程。
然后通过老板的反馈意见修改文章时，也会发现自己的不足，就这样修改个3-5次，基本上就得到了能投的文章。
当然我还希望有peer review，可惜实验室没人有空帮我看 :(

附注1：搭建一個合适的jabref+bibtex工作环境
之前我的方法很山寨：一个paper开一个文件夹，里面放tex的src以及bibtex的.bib文件。
这样的话，不同的paper往往会使用同一个bib，管理起来很不方便（比如A paper里面的bib改了，其他也需要更新）。
现在的解决方法是：
专门用一个文件夹来装paper + .bib，要完成这个任务具体需要三个步骤：
1. 假设这个文件夹叫做allpapers，则建立一个allpapers/bibtex 文件夾，把.bib放里面
2. 设置jabref论文的搜索路径，比如我简单起见，把所有paper都塞到bibtex文件夹里，则jabref搜索路径设为当前文件夹"."即可。
3. 设置tex发行版的搜索路径(search path)，比如CTeX可以设置miktex的option，在root里面加上allpapers文件夹。
（发觉miktex搜索的路径貌似只能是allpapers/bibtex，而不是allpapers本身....所以之前把.bib放在bibtex文件夾里）

设置好后，用
initexmf -vu
更新数据库，用
findtexmf xxx.bib
测试是否能正确搜索到，如果可以则会打印出文件的路径。

这么下来，论文里面要引用这个.bib只需简单地用
\bibliography{xxx}
即可。
pdflatex、bibtex会在指定的目录下面搜索对应的bib文件，再也不用一个文件夹放一个bib了！

* 更理想的管理方法是，能把paper稍微分类，这样也许可以通过指定jabref的搜索路径为上一层目录解决。
比如allpapers/{bibtex, PL, CAD, OS}这种目录结构，管理起来会方便很多。

参考：
- http://www.haptonstahl.org/latex/work_bibtex.php
- http://www.fceia.unr.edu.ar/lcc/cdrom/Instalaciones/LaTex/MiKTex/doc/ch08.html

这里有一篇很好的jabref的使用指南。

附注2：关于IEEETran BibTeX style以及参考文献引用规范
IEEETran BibTeX style file是用于生成符合IEEE规范的参考文献列表的BibTeX样式文件。
有很多种不同的样式，最常用的应该是IEEEtran.bst这个文件。
要使用它非常简单，只需在对应tex distro的<texmf/bibtex/bst文件里放好对应bst文件，
然后在tex src里面加入这句即可：
\biblilographystyle{IEEEtran}
\bibliography{IEEEabrv, mybibfile}

其中的IEEEabrv是一些会忆名字的缩写，以方便你后面快速引用，mybibfile是你的bibtex文件。
下面介绍一些重要的entry type(article,conference/inproceedings,book)以及一些注意事项。

1. journal article (@article)
由于example已经在document里面详细给出，这里不再赘述。
IEEE 鼓励在author里详细给出作者的名字，生成最后的reference时，bibtex会根据bst文件自动缩写姓名首字母等。
并且可以在超过一定数量的作者时，自动缩写成`et al.'
在title里面，大括号用于保持单词的大小写状态，因为bibtex会根据bst文件自动更改title里面的一些大小写。
journal的输入是一个缩写string，这样可以很方便地根据要求，在full name(IEEEfull.bib)与abbreviations之间更换。
月份的输入是三个字母的输入，这样可以使bibtex识别并自动格式化日期。

2. conference proceedings
@conference与@inproceedings是一样的，没有区别。
要注意的是，对于这种entry，IEEE把page number，volume number等放到日期的后面。

3. book
这个……没什么好说的。

4. electronic(IEEEtran.bst extension)
这是ieee bst里面的拓展。用于引用一些电子资源。
其中可以使用url域（其实是所有entry type都可以使用的）
bibtex会生成一个[online]. Available: + url的字符串以提供下载。

5. 未出版、待出版文章
使用@misc 这个类型，里面加上
note = "to be published"
来说明。
或者是在@article的year field里写上"submitted for publication"。

6. 控制开关
（具体做法请参考原文档。）我喜欢把CTLdash_repeated_names设为no
否则如果一个reference item后续的item作者相同，则会省略为一条横线。
估计很多人看不惯，但却是IEEE推荐的格式。
不过，在bib里面添加了
@IEEEtranBSTCTL{BSTcontrol,
  CTLdash_repeated_names  =  "no",
}
这个entry后，每次打开jabref会有warning，有点烦。

附注3: ACM要求直接给出所有bibitem，而不是使用bibtex
很简单，只需使用上述流程正常生成文件后，在得到的bbl文件里复制即可。因为bibtex的原理也是用latex来预处理bib文件得到最终的tex代码，然后再包含进tex文件重新编译的。参考自这里。